民衆を煽り幕府への謀反を企む怪しげな新興宗教・白蓮教を調査していた狐の集団の当主・石動律花（山本千尋）そこで、将軍からの任務を受けて現れた風魔忍者のお喬（宮原華音）と出会う。 律花とお喬たちが立ち向かうべき敵は同じ、徳川家に恨みを持ち復興を願う、服部半蔵（ケイン・コスギ）率いる伊賀忍者たちであった・・・！！ BLACKFOX の世界とSHOGUN’S NINJAの世界が交わる狐の集団 VS風魔忍者 VS 伊賀忍者の忍者大戦＝NINJA WARSが幕を開ける！！